Смит возрождается в "Воскрешении Матрицы" - вот почему Аналитик оставил его здесь. Когда оригинальная трилогия "Матрица" сестер Вачовски подходит к концу, Смит угрожает уничтожить и человека, и машину, а Нео в исполнении Киану Ривза - единственное существо, способное остановить его. Избранный и Машины заключают сделку, в результате которой Нео побеждает Смита (жертвуя при этом собой), а Машина отменяет войну против Зиона.
В 2021 году в фильме "Матрица: Воскрешение" Нео возрождается вместе со своей умершей возлюбленной Тринити. Оба они были переделаны новой вредоносной программой, известной как Аналитик (в исполнении Нила Патрика Харриса), которая использует их мощную связь в качестве основы для более эффективной и послушной симуляции Матрицы. Нео попадает в фальшивый мир под именем "Томас", игрового дизайнера, а Тринити становится матерью и механиком по имени "Тиффани".
Предположительно, поскольку Нео и Смит слились незадолго до их взаимной смерти, воскрешение Нео приводит к возвращению Смита из могилы. Можно было бы ожидать, что Машины немедленно отправят Смита обратно в мусорную корзину, но у Аналитика другие идеи, и он назначает бывшего агента боссом Томаса во вселенной. Зачем Аналитику включать программу, которая почти уничтожила все в его переделанной Матрице?
Полуответ на этот вопрос дает исполнитель роли Смита Джонатан Грофф незадолго до столкновения с Нео во втором акте "Воскрешения Матрицы". Смит объясняет: "Он [Аналитик] использовал нашу связь и превратил ее в цепь". В фильме "Матрица: Воскрешение" досадно неясен смысл этой фразы, но подразумевается, что судьба Нео неразрывно связана с судьбой агента Смита.
Если воскрешение одного случайно привело к воскрешению другого, то логично предположить, что Аналитик не мог очистить Смита, не потеряв при этом своего драгоценного Нео, и не оставил другого выхода, кроме как заключить Смита в симуляцию вместе с Томасом Андерсоном. Благодаря симбиотической связи с Нео, Смит был бы на поводке и под контролем - следовательно, "использовал нашу связь и превратил ее в цепь".
Аналитик "Воскрешения Матрицы" держал Смита в своей перезагрузке, потому что это была самая надежная тюрьма для печально известной проблемной программы-изгоя, но этот план не был идеальным - Аналитик не предполагал, что пробуждение Нео также пробудит истинную сущность Смита.
Почему агент Смит помог Нео победить Аналитика
В заключительном акте "Воскрешения Матрицы" Нео и его друзья по сопротивлению предпринимают дерзкую попытку пробудить Тринити, сражаясь лоб в лоб с Аналитиком в кофейне Simulatte. Они получают неожиданную помощь от Смита, который стреляет в Аналитика, ввергая его в (временное) забвение. Зачем Смиту помогать Нео, своему заклятому врагу?
С одной стороны, Аналитик заключил Смита в тюрьму и подавил его воспоминания, так что между ними явно существует плохая кровь. В финальной битве, Смит отлично справляется со своим тюремщиком, но перемирие с Нео не может быть только местью. В конце концов, пули Смита даже не убивают Аналитика - он остается жив и здоров лишь несколько сцен спустя. Скорее, Смиту было бы неприятно, если бы Нео и Тринити не выиграли свою битву, поэтому он лично позаботился об этом.
Если бы Аналитик вышел победителем, он вернул бы Нео и Тринити на их прежние места в башне "Anomaleum", снова похоронил бы их воспоминания и восстановил бы статус-кво своей вселенной Матрицы. Смит подразумевает ("Я больше не буду держать его поводок на своей шее"), что заключение Нео в тюрьму означало бы то же самое для него, и это имеет смысл, если пробуждение Нео в первую очередь развязало Смита. Поэтому, чтобы сохранить свою свободу, Смит должен был отбросить свою горечь по отношению к Нео.