Несмотря на то, что в Матрице Нео является мастером боевых искусств, за пределами симуляции он им не является, но на это есть причина. В фильме Воскрешение Матрицы, продолжающем наследие франшизы "Матрица", Нео говорит: "Я все еще знаю кунг-фу". Это явный отсыл к его ранним дням, когда он был отключен от Матрицы и обучен Морфеусом (Лоуренс Фишберн).
В Матрице, освободившись и узнав правду о том, что машины теперь правят миром, Нео начинает ускоренный курс по превращению в борца за свободу человечества. Это включает в себя загрузку в его разум всех существующих боевых искусств, чтобы сделать его грозным бойцом в Матрице. Нео знаменито заявляет: "Я знаю кунг-фу", что он и подтверждает несколько мгновений спустя в спарринге с Морфеусом. Однако это утверждение не всегда верно в определенных контекстах.
Во время сцены драки со Смитом, боевое мастерство Нео очень заметно падает. Если в сценах боев Нео внутри Матрицы он предстает как отточенный и высококвалифицированный мастер боевых искусств, то в сцене боя с Бэйном он сражается скорее как необученный боец. Однако этому есть очень хорошее объяснение, и частичное сохранение Нео своих способностей Избранного в реальном мире помогает объяснить это.
Способности Нео к боевым искусствам были загружены в его мозг, но в реальном мире он никогда не проходил никаких физических тренировок. Это важно, потому что мышечная память - важный компонент развития мастерства в боевых искусствах. Кровь, пот и слезы, которые тренированные мастера боевых искусств тратят на достижение высокого уровня мастерства - это путь, для которого нет короткого пути. Однако это не обязательно относится к другим способностям, которыми обладает Нео.
В Перезагрузке Матрицы Нео способен в одиночку поджарить группу преследующих его часовых, хотя на некоторое время он впадает в кому. Это указывает на то, что Нео сохраняет способность свободно манипулировать программным обеспечением Матрицы и машин, находясь в реальном мире. Это также способность, которой Нео одарен от природы, как Избранный, а не навык, которым он должен постепенно овладеть, как мастер боевых искусств.
Матрица остается вехой в привнесении в голливудский фильм экшн-сцен и кунг-фу под влиянием Гонконга. Однако, как и во всей франшизе, Матрица и реальный мир действуют по разным правилам. Тем не менее, несмотря на отсутствие физической подготовки, в Матрице Нео не имеет себе равных в знании боевых искусств.