Для якого віку: 13+
Скільки серій в 2 сезоні: 21 серія
Бреннан викликають до поїзда, який зійшов з рейок... і вона виявляє, що у неї новий начальник. Потяг, який перевозив популярного сенатора, зійшов з рейок вагоном, який стояв на рейках. Бреннан з'ясовує, чому труп багатого бізнесмена поклали в машину. Тим часом вона продовжує спроби знайти свого батька.
Бут і Бреннан досліджують останки жінки та плоду, знайдені в затоці Делавер. Тіло вагітної молодої подружжя, чиє таємниче зникнення рік тому стало головною новиною в країні. Її чоловік є головним підозрюваним у цій справі, але він зникає до того, як Бреннан і Бут допитають його, що спонукає Бута викликати полювання. Бут засмучений тим, що його колишня дівчина дозволяє їхньому синові проводити час з її новим хлопцем.
Перекинутий сміттєвоз виявив тіло молодого чоловіка, який пропав безвісти майже три тижні. Коли розслідування виявляє, що молода дівчина, яку виховують прийомні батьки, є головною підозрюваною, Бреннан засмучується тим, як швидко решта команди звинувачує систему прийомної сім’ї – те, через що вона пройшла сама. Напруга між Кем і Бреннаном продовжує зростати.
Після розкопок скелетних останків молодої дівчини Буту та Бреннану стає зрозуміло, що вони мають справу не зі звичайною справою. Це підтверджується в лабораторії, коли вони виявляють, що причина проходження вказує на засудженого за серійних обіймачів у ряді, який проходить повз, і якого вони затримали в попередній справі. На тілі знайдено підказку, яка веде до іншої жертви - цій лише тиждень. Бреннан і команда повинні розшифрувати загадкові підказки, щоб знайти спільника серійного обіймача. Ситуація погіршується, коли команда дізнається, що наступна жертва все ще жива. Їм доводиться випробувати свої межі, змагаючись із часом, перш ніж молода дівчина стане наступною жертвою.
Є двоє підозрюваних з тим самим мотивом, коли Бут і Бреннан досліджують обійми чоловіка, знайденого у ванні, наповненій хімікатами. Незабаром вони дізнаються, що у нього було дві дружини та дівчина.
Бут і Бреннан розслідують випадок, повз якого стався вибух у готелі. Справа ускладнюється, коли головний підозрюваний у розслідуванні виявляється захищеним дипломатичним імунітетом.
Команда розслідує смерть 9-річної зірки конкурсу краси. Незабаром можливими підозрюваними стають батьки та брати і сестри конкурентів дівчини. Бреннан робить величезну помилку, коли вони з Бутом відвідують урок чечітки, де вони сподіваються знайти інформацію про обіймача. Повернувшись у лабораторію, Годгінс і Анджела йдуть на побачення, яке насправді проходить добре, незважаючи на те, що всі передбачали.
Коли скелетні останки федерального прокурора, який зник п’ять років тому, знайшли в пустелі поблизу Лас-Вегаса, команда підозрює, що він пов’язаний з натовпом. Потім вони знаходять тіло жінки за кілька ярдів від нього, яку, як вони підозрюють, потовпила та сама людина. Травми жінки змушують Бреннана вважати, що вона давно зазнала домашнього насильства. Коли чоловік заперечує, що завдав шкоди своїй дружині, їх ведуть до лихваря у Вегасі, де анонімна інформація переносить їх у світ азартних ігор і підпільних боїв, де Бут і Бреннан під прикриттям виступають у ролі високопоставлених гравців у Вегасі. Намагаючись розкрити таємницю, Бут ризикує життям.
Виявлено тіла підлітків-близнюків, викрадених п'ять років тому. Бут і Бреннан йдуть на слід горезвісного серійного обіймача, відомого як Могильник. Його завдання полягає в тому, щоб викрасти і поховати своїх жертв, а потім попросити викуп. Якщо викуп не надано, жертви залишаються помирати. Під час розслідування Бреннан і його колега стають останніми жертвами. Вони змушені розгадувати власне викрадення з підземної могили.
Під час розслідування смерті студента кіно, який працював над документальним фільмом про легенду про безголову відьму, яка переслідувала ліси в 1700-х роках, Бреннан розвиває міцний зв'язок із братом жертви. Бут і Бреннан говорять про поєднання роботи та особистого життя.
Бут і Бреннан викликані на місце події, де тіло чоловіка було знайдено випотрошеним, спаленим і висілим, як опудало, на даху федеральної будівлі. Докази, залишені на тілі, знову відкривають справу 30-річної давності та пов’язують її з батьком Бреннана. Тим часом Зак повинен захистити дисертацію, щоб отримати докторський ступінь, попросивши допомоги у колеги.
Бут і Бреннан відправляються в камеру серійного обіймача Говарда Еппса, щоб ідентифікувати останки в'язня. На їх подив, обвуглені останки не належать Еппсу. Невдовзі стало відомо, що Еппс утік і збирається помститися, в яку втягується маленький син Бута, Паркер. Через небезпеку справи Бреннан має отримати захист ФБР. Під час розтину Кем вдихає токсин, що ставить її життя під загрозу.
Бреннану доводиться працювати з іншим агентом, агентом Салліваном, а Буту потрібно відвідати терапевта. Вони розслідують смерть першокурсниці коледжу, яка брала участь у відео типу «Girls Gone Wild» і тіло якої знайшли в алігаторі. Салліван запрошує Бреннана на зустріч.
Бут і Бреннан розслідують смерть Теренса Бенкрофта, одного з головних донорів Джефферсонівського інституту, знайденого мертвим удома. Годгінз ставить під загрозу справу та репутацію лабораторії, видаляючи деякі докази, які могли б пов’язати його з родиною Бенкрофтів і самою справою. Через це Бреннан має прийняти важливе рішення щодо своєї команди. Хоча Бут отримав дозвіл від доктора Ваятта використовувати свій пістолет, він повинен продовжувати зустрічатися з ним.
Бреннан і Бут мають розв’язати три випадки, які дуже схожі на ті, що описані в новій книзі Бреннана у списку бестселерів.
Команда розслідує смерть азіатської жінки без жодної кістки. Саллі пропонує Бреннану те, чого вона не очікує.
Посеред цвинтаря прорвало водопровідну магістраль, і труни заваляли територію. Бреннана викликають, щоб ідентифікувати останки, щоб їх можна було перепоховати. Коли вона знаходить останки, вона виявляє, що деякі з них були там лише п’ять днів, хоча їй сказали, що там нікого не ховали п’ятдесят років. Тим часом Бут вирішує запросити Бреннана до свого психіатра, щоб вони могли попрацювати над відновленням своїх стосунків. Крім того, відносини між Годгінсом і Анжелою стають напруженими, коли Годгінс робить сміливий крок.
Бут і Бреннан розслідують справу про частковий скелет, знайдений у цементі. Бут вважає, що винен член злочинної сім'ї - Г'ю Кеннеді, але коли він чує інформацію про те, що Г'ю згорів на автомобілі, все ускладнюється. Бут дізнається, що Х'ю насправді живий, але потім його викрадає. Тепер Бреннан має знайти Бута, перш ніж він постраждав, але це важче зробити, ніж вона думає, і вона доклала чимало зусиль, щоб повернути Бута безпечно.
У кратері знайшли таємничого мертвого чоловіка зі сплющеним тілом, ніби він впав з неба. Бреннан і Бут намагаються з’ясувати, ким був цей чоловік, а Годгінс висуває різні теорії змови за участю інопланетян. Бут і Бреннан дізнаються, що чоловік був астронавтом, якого обіймали, і розгортається складна історія з обіймами.
У старому кам'яному будинку знаходять сяючі кістки, і Бреннана та Бута викликають для розслідування. Вони виявили, що дивним чином кістки не є радіоактивними, і їм немає іншого пояснення, чому вони світяться. Визначивши жертву, команда починає розгадувати таємницю обіймів.
Розкладений скелет молодої жінки знаходять у візку для покупок, але через хворобу старіння Анжела реконструює її як 80-річну жінку. Бут і Бреннан ведуть розслідування і потрапляють до колишнього опікуна жертви, але їхні висновки хиткі, і їм важко знайти, хто б хотів обійняти таку невинну молоду жінку. Тим часом Макс Кінан, батько Бреннан, знову з'являється з інформацією з її минулого. Крім того, Годгінс і Анджела йдуть по проходу, але все йде не так, як планувалося.
