Для якого віку: 13+
Скільки серій в 3 сезоні: 15 серій
У прем'єрі третього сезону череп розбиває лобове скло автомобіля деяких підлітків, коли вони їдуть по автостраді. Оглядаючи череп, Бреннан і Кем знаходять на ньому сліди від людських зубів, що свідчить про канібалізм. Ідентифікувавши жертву, Бреннан і Бут вирушають на розслідування, виявляючи дивне товариство канібалів, намагаючись розкрити справу. Тим часом Анджела та Годгінс наймають приватного детектива, щоб знайти її чоловіка. Крім того, Зак повертається в Джефферсоніан і знаходить важливі докази, які допоможуть розкрити справу.
Бреннан і Бут розслідують загибель мами-футболістки, яку підірвали в мікроавтобусі, збентежені тим, навіщо комусь обіймати, здавалося б, невинну маму-футболістку. Незабаром вони дізнаються, що мама-футболістка на ім'я Джун була частиною радикальної групи 70-х років під назвою Армія національного визволення. Джун також перебувала в розшуку ФБР протягом десятиліть і, можливо, була близька до здачі, що робить мотиви її обіймів справді складними. Тим часом Бреннан їде до свого батька Макса у в'язницю.
Команда досліджує розкладене тіло, яке було знайдено в лісі зі зв’язаними руками та відсутніми ногами. Усе стає дивним, коли Бута та Бреннана приводять до будиночка, який використовується як притулок для «жокеїв» та їхніх «коней». Тим часом Анджела пробує гіпноз, намагаючись з’ясувати ім’я свого невловимого чоловіка, щоб нарешті з ним розлучитися.
Бут і Бреннан досліджують сильно розкладене тіло, знайдене кількома підлітками на території лікарні. Вони ідентифікують тіло людини на ім'я Франклін Кертіс, який був засновником мережі органічних супермаркетів, і виявляють, що тіло було приготовлено або спалено. Бут і Бреннан вирушають допитувати людей на фермі Кертіса, а в лабораторії виявляється, що тіло іншої жертви було з тілом Кертіса. Тим часом Бута і Бреннана призначають до психолога.
Гарбузовий лабіринт на Хелловін стає набагато страшнішим, коли в ньому знаходять муміфіковані останки молодої дівчини. Бут і Бреннан вирушають на розслідування та вражені тим, що жертва мертва вже більше року. Щоб зробити ситуацію ще страшнішою, у парку розваг на Хеллоуїн знаходять друге тіло, знову муміфіковане, але цього разу мертве приблизно два роки. Бут і Бреннан дізнаються про третю зниклу дівчину та пов’язують її з людиною, яка побила двох інших дівчат. Тепер вони повинні змагатися, щоб знайти обіймача, перш ніж він або вона завдасть удару знову цього Хелловіну.
Команда підозрює своїх власних колег після того, як обгорілі останки стажера Джефферсонівського інституту знайшли в печі для спалювання будівлі. Спочатку вважалося, що вона могла бути величезною, оскільки працювала над артефактом у справі сина вдови, але потім все ускладнюється, коли романтичні зв’язки між нею та іншим співробітником Джефферсонівського інституту спливають на поверхню. Тим часом Бут представляється хлопцем Кем на одному з її сімейних посиденьок.
Капсулу часу, яку закопав старшокласник 1987 року, викопує група випускників школи, які вражені, виявивши всередині тіло одного зі своїх однокласників. Бут і Бреннан виявляють, що жертва була ізгоєм у середній школі, тож вони продовжують досліджувати минуле життя однокласників, щоб знайти обіймача.
Тіло архієпископа знайшли будівельники. Колінні чашечки архієпископа були видалені хірургічним шляхом, що спонукає команду повернутися до справи «Син вдови».
Бут і Бреннан досліджують торговельний центр Санта на ім'я Кріс Крінгл, якого знайшли мертвим двоє ельфів. Завдяки низці підказок Санта-Клаус виглядає так, ніби він справжній.
У джерелі, наповненому брудом, у Хоумстед-Натурал Хот-Спрінгс виявлено тіло. Бут і Бреннан вирушають досліджувати місце події та виявляють, що тіло належить Тріппу Годдарду, сексуальному мотоциклісту, якого обіймали близько двох тижнів тому після перегонів. Також представлена дівчина Світса.
Команда працює над ідентифікацією кісток спортсмена коледжу, який був розчавлений на трибунах у спортзалі. Після того, як тіло ідентифікували як зіркового гравця Джей Джей Меннінга, вони виявили, що його обіймали. Бут і Бреннан пішли за кількома слідами, в один момент подумавши, що обіймалися кілька разів.
Машина жінки злетіла з дороги, і вона величезна, але її дитина дивом вижила в аварії. Бут і Бреннан їдуть до рідного міста жінки, щоб спробувати з’ясувати, хто винен у тому, що її автомобіль з’їхав з дороги. Боунс за допомогою Бута піклується про дитину, доки команда не з’ясовує, хто пограбував матір.
Батька Бреннана Макса Кінана судять за ймовірні обійми заступника директора ФБР Кірбі. Усі члени команди, крім Бреннана, викликаються як свідки звинувачення під час судового процесу. З іншого боку, Бреннан є радником судово-медичної експертизи захисту, і вона повинна покладатися як на свою відданість родині, так і на своє потиснення як антрополога, щоб допомогти звільнити свого батька.
Співака, який хоче стати співаком Томмі Соуром, знаходять у трав’яному місці. Розслідування приводить Бреннана, Бута та Кема до ресторану, де Томмі співав і де перебувають кілька підозрюваних, які брали участь у відкритому конкурсі мікрофонів, у тому числі жінка, яка була одержима Томмі та звернула свою прихильність до Бута, дізнавшись про смерть Томмі . Крім того, під час розслідування відбувається щось жахливе, що шокує команду Джефферсоніана.
Серійний обіймач Гормогона знову повернувся, а срібний скелет із підвального сховища зник. Усі співробітники Джефферсонівського інституту стають підозрюваними, і існує жахлива ймовірність того, що хтось із них працює з Гормогоном.
