Для якого віку: 13+
Скільки серій в 6 сезоні: 23 серії
Через сім місяців після того, як Боунс і Бут покинули країну наприкінці минулого сезону, Керолайн викликає їх назад до Джефферсонівського інституту, щоб допомогти врятувати роботу Кем, оскільки вони разом з нею та рештою команди працюють над вирішенням суперечливої справи.
Останки подружжя, знайдені в печері національного парку, створюють подвійну таємницю: хто вони і чому вони були величезні? В іншому місці дівчина Бута несподівано приїжджає в США з її призначення кореспондентом в Афганістані, що залишає Бреннана невпевненим у її стосунках з Бутом.
Випадок на березі Джерсі показує стегно Бреннан, коли вони з Бутом спостерігають за померлим молодим чоловіком, чиє тіло, що розкладається, знайшли біля місцевого нічного клубу. Виявлені кадри фільму, здається, дають важливу підказку, але це може бути не те, що здається. Тим часом у лабораторії Анджела робить усе можливе, щоб зберегти свою вагітність у таємниці, а Ханна зв’язується з примруженими очима.
Команда вирушає на пошуки зниклих частин тіла після того, як вони знаходять розкладається череп і руки на смітнику. Після того, як жертву ідентифікують як мисливця за головами, який шукав обіймача на ім’я Брейвермен, команда виявляє, що хтось інший також шукає Брейвермена, що призводить до погоні з несподіваним підозрюваним. Тим часом Бреннан робить зірку дитячих шоу професора Бунсена Джуда «Наукового чувака» своїм новим стажером.
Балерина обіймається, і Бут і Бреннан підозрюють у злочині групу вуличних танцюристів. Тим часом дівчину Бута Ханну застрелили, і Бут змушений хвилюватися за своє здоров'я.
На затонулому кораблі знаходять останки молодого чоловіка, і команда вирушає на розслідування, по дорозі опитуючи гостей на човні для вечірок.
Команду викликають на шоколадну фабрику Уолперта, де знаходиться найбільший у світі шоколадний батончик, коли з’ясовується, що в батончику не тільки шоколад. В іншому місці Кем непокоїться, коли Мішель вибирає коледж, репутація якого не відома за високий рівень навчання.
Наступна справа Бута та Бреннана приводить їх на місце злочину, де людський труп буквально розтопився на панелі приладів обвугленої вантажівки. Коли команда розслідує справу, вони виявляють у жертви вогнепальне поранення, але дізнаються, що ні вогонь, ні куля не були причиною смерті жертви. Додаткові підказки приводять їх до місцевої середньої школи, де вчителькою є дружина жертви. Коли стосунки між учнем і викладачем починають виявлятися, а в лабораторії формується певна закономірність, команда може відстежити зброю для обіймів і розкрити злочин.
Бут і Бреннан розслідують таємничу смерть хірурга, чиє життя та смерть кидають виклик легендарній об’єктивності Бреннана. У міру того, як команда відбирає докази, Бреннан все більше і більше ототожнює себе з геніальним лікарем і її життям, що змушує її сумніватися в деяких власних виборах.
Команда розслідує справу про знайдене в душі тіло, пов’язане з контрафактною операцією. В іншому місці Годгінс і Анджела мають прийняти рішення щодо сім’ї та житлових приміщень, і Бут відкрито каже Ханні про почуття Бреннана до нього.
Останнє звернення Могильника привертає увагу команди до снайпера, який прицілюється в пані Таффет, наражаючи на небезпеку й інших.
На віддаленому кукурудзяному полі знайдено тіло, замасковане як опудало, з кульовим пораненням, і команда змушена працювати проти часу, щоб уникнути шторму та потенційних ускладнень, які можуть вплинути на докази.
Невдалий трюк на велосипеді залишає останки гонщика BMX на даху складу. Годгінс і команда в лабораторії досліджують численні переломи скелета, а Бреннан і Бут опитують інших учасників каскадерів.
День Святого Валентина приносить власний стрес команді різними способами. Кем просить своєчасно завершити поточну справу — організатора весілля, у солярії якої знаходяться її розріджені останки, — щоб вона могла призначити побачення до Дня святого Валентина.
Після сумнозвісного обіймів із «Могильником», снайпер на волі Джейкоб Бродскі завдає удару знову. Цього разу його жертва — раніше підозрюваний, який утік від системи правосуддя. Рішучий, ніж будь-коли, зловити Бродскі, Бут використовує свою військову підготовку, щоб перемогти снайпера у власній грі.
Сильна хуртовина спричиняє знеструмлення в усьому місті, що додає перешкод, які команда має подолати, щоб розкрити справу з обіймами, яка може бути пов’язана з потенційним спалахом вірусу.
Бреннан об’єднується з судовим ортопедом, щоб зіставити сім пар відрізаних ніг із тілами; Кем будує для своєї доньки плани вступу до коледжу.
Останки чоловіка, який був ведучим програми «Руйнівник міфів», знайдені в пустелі Західної Вірджинії, а також чутки про те, що він пройшов повз Чупакабру та присутність його суперника з іншого шоу. Усе стає ще складнішим після того, як з’являється відео, яке розкриває теорії злочину.
Коли неактивного охоронця знаходять у Еверглейдс у Флориді невдовзі після спроби пограбування фрагмента морської карти 17-го століття в морському музеї, де він працював, Бут звертається до Волтера Шермана по допомогу у справі.
Команда ідентифікує останки успішного рекламника, знайдені на території новозбудованого дитячого майданчика громадського центру. Оглянувши будинок жертви та допитавши його колишнього партнера та роботодавця, Бут і Бреннан виявляють, що жертва спалила мости, зайнявши агресивне ставлення до чесності та була членом радикальної групи підтримки чесності.
15-річну Джейн Доу, яка має проблеми зі слухом і не може спілкуватися, знаходять на вулицях у крові та з ножем, що змушує команду вважати, що вона винна в нещодавніх обіймах. Тим часом Анджела тримає Годгінса в невіданні щодо подробиць своєї вагітності.
Коли снайпер на волі Джейкоб Бродскі забирає ще одну жертву, Бут як ніколи вирішує зловити свого невловимого ворога. Після того, як куля, призначена для Бута, вражає невинну жертву, Бут ставить собі за місію зловити Бродскі раз і назавжди.
У фіналі 6-го сезону команда досліджує тривожні, невпізнані останки гравця в боулінг, які були знайдені застряглими в одному з автоматичних автоматів для боулінгу. Зайшовши у глухий кут у справі, Бут і Бреннан вирішують піти під прикриття та приєднатися до змагальної команди з боулінгу в пошуках відповідей.
