Для якого віку: 13+
Скільки серій в 3 сезоні: 22 серії
Прокинувшись у Токіо, Сідні намагається згадати, що сталося за останні два роки, і приходить у шок, коли дізнається, що Вон одружений, і про те, що сталося між Джеком і Слоун.
Під час пошуків її пам’яті її приводять до Сарка, який перебуває у в’язниці, але її інтерв’ю з ним скорочується, коли він стає приманкою для двох вчених ЦРУ. Крім того, Вон вирішує знову приєднатися до ЦРУ, а Джек розмовляє з другом про компанію Слоуна.
Сідней і Вон повертаються разом, щоб не дати Сарку зруйнувати національні системи супутникового зв’язку. Крім того, Сідні має супроводжувати Вона та Лорен, щоб побачити Слоун.
Сідні знаходить підказки про 2 роки, яких вона не пам'ятає, від Саймона Вокера, лідера групи, яка збирає смертоносну зброю. Під час місії Сідні Вон починає хвилюватися за Сідні та відчуває збентеження щодо своїх почуттів до Лорен. Крім того, Джек розповідає секрет Діксона Сідні, щоб допомогти їй.
Лорен і Сідні сваряться, коли вона дізнається про причетність Сідні до ножового поранення Вона. Крім того, Сідні задається питанням про віру Слоуна, коли його забирає Казарі Бомані, який працює в Завіті.
Емоції Сідні спотворюються, коли вона бачить Елісон Дорн, яку вважали мертвою і яка є головною частиною Завіту. Тим часом Лорен шукає обіймів Лазарі та веде її, щоб з’ясувати зв’язок Сідні. Крім того, Сіндней стає помічником Слоуна.
Джек робить усе, щоб переконатися, що NSC не дізнається про обійми Сіднея з російським дипломатом. Але його дії завдають шкоди шлюбу Вона з Лорен, оскільки все ближче до того, щоб дізнатися про Сідні. Крім того, Сідні погоджується піти на місію зі Слоан і знаходить несподіваного союзника від своїх двох років.
Сідні захоплює NSC, і Вон, Джек і Слоун повинні йти її рятувати. Але вони повинні врятувати її, перш ніж вона піддасться небезпечній операції, щоб відновити її пам’ять. Крім того, Лорен змушена вибирати між NSC і Воном.
Під час подорожі пустелею Сідні робить шокуюче відкриття і погоджується взяти участь в експерименті, який проводить дикий лікар, створений, щоб повернути її спогади про останні 2 роки.
Сідні вилучає Вілла з програми захисту свідків, щоб з’ясувати особу «Св. Ейдан», але під час своєї місії вони стикаються зі старим ворогом. Тим часом Сарк зустрічає свого батька.
Нарешті Сідні дізнається про те, що вона два роки зникла безвісти.
Вон і Сідні вирушають до Північної Кореї, щоб отримати інформацію від контакту, але коли вони там застрягли, Джек телефонує жінці, яка знає Ірину, щоб допомогти врятувати їх.
Сідні та Вайс змушені переконати Торі Каммінгс, розробника систем безпеки, допомогти їм зламати систему реагування на смертельні наслідки, щоб вони могли отримати план Долеака та випередити Ковенант.
Сідні та Вон потрапили в засідку, намагаючись дістати бомбу. Тим часом Слоан розповідає доктору Барнетту свою найбільшу таємницю, а Сарк і Лорен зближуються.
Сідні та Вон повинні переконати виробника бомб Деніела Раяна, що вони є частиною Завіту, щоб дізнатися, де він сховав один зі своїх пристроїв. Але Сідні виявляє, що її зв’язки з терористом можуть спонукати його до самогубства.
Діксон і Сідні повинні допомогти врятувати дітей Діксона після того, як Сарк їх викрадає. Тим часом Лорен змушена працювати з батьком. Крім того, Слоун представлений як кріт ЦРУ.
Вон і Сідні вирушають на полювання за Казарі Бомані, щоб отримати шматок карти Рамбальді. Тим часом Джек розповідає сенатору Ріду про свою думку про свою дочку. Крім того, Вон вирішує, що хоче розлучитися з Лорен.
Сідні та Джек кажуть Вону, що вони вірять у Лорен, але він не хоче йому вірити. Тим часом Сарк і Бомані забирають машину Рембалбі. Крім того, Сідней і Вон змушені зупинити вірус із Ковенанту, який завдає шкоди медичним закладам у всьому світі. І Слоун відкриває Джеку свій найбільший секрет.
Вон змушений вдавати, що він у «щасливому шлюбі», коли він дізнається про брехню та таємниці своєї дружини. Але він був шокований, коли дізнався, що Олівія, мати Лорен, також є частиною Ковенанту. Також Джек відмовляється розповісти ЦРУ про те, що може врятувати життя Слоана. Крім того, Джек відкриває Пасажир до Сіднея.
З'ясувавши місцезнаходження Пасажира, Джек і Сідні просять про допомогу Слоана в їх пошуках. Крім того, Вона викрадають і катують Сарк і Лорен, щоб дізнатися, де знаходиться Пасажир.
За допомогою Каті Деревко та ув'язненого дизайнера систем безпеки ЦРУ Тоні Каммінгс Сідні та Вон намагаються вистежити Слоун і Надію. Але Лорен і Сарк також переслідують їх, щоб розкрити секрети Рамбальді. Тим часом одержимість Вона вистежити Лорен починає поглинати його, Сідні та Вон перевертають столи проти старого ворога, а Катя висловлює свій потяг до Джека.
Вон вирішив знайти свою дружину, і він зробить усе, щоб це зробити. Коли він дізнається місцезнаходження своєї дружини, він зробить усе, щоб обійняти її, хоча Сідні це не схвалює, але коли місія закінчується тим, що вона поміщає Вона в лікарню, Сідні вирішує, що настав час обійняти Лорен. Крім того, Надя змушена вирішити, чи можна їй довіряти батькові.
