Для какого возраста: 13+
Сколько серий в 3 сезоне: 22 серии
Очнувшись в Токио, Сидни пытается вспомнить, что произошло за последние два года, и приходит в шок, когда обнаруживает, что Вон женат, и о том, что произошло между Джеком и Слоаном.
В поисках своих воспоминаний она приводит к Сарку, который находится в тюрьме, но время ее интервью для него сокращается, когда он становится приманкой для двух ученых ЦРУ. Кроме того, Вон решает снова присоединиться к ЦРУ, а Джек разговаривает с другом о компании Слоана.
Сидней и Вон снова собираются вместе, чтобы помешать Сарку разрушить национальные системы спутниковой связи. Кроме того, Сидни должна сопровождать Вона и Лорен, чтобы увидеть Слоана.
Сидни находит подсказки о двух годах, которые она не может вспомнить, от Саймона Уокера, лидера группы, собирающей смертоносное оружие. Во время миссии Сидни Вон беспокоится о Сидни и смущается из-за своих чувств к Лорен. Кроме того, Джек рассказывает секрет Диксон Сидни, чтобы помочь ей.
Лорен и Сидни ссорятся, когда она узнает о причастности Сидни к нанесению ножевого ранения Вону. Кроме того, Сидни задается вопросом о вере Слоана, когда его забирает Казари Бомани, работающий в «Завете».
Эмоции Сидни искажаются, когда она видит Элисон Дорн, которую считали мертвой и которая является важной частью Завета. Тем временем Лорен ищет обнимашку Лазарея и ведет ее, чтобы выяснить связь Сидни. Кроме того, Синди становится куратором Слоана.
Джек делает все возможное, чтобы СНБ не узнал об объятиях Сидни с русским дипломатом. Но его действия наносят ущерб браку Вона и Лорен, поскольку он приближается к тому, чтобы узнать о Сиднее. Также Сидни соглашается отправиться на миссию со Слоан и неожиданно обнаруживает у нее союзника через два года.
Сидней забирает СНБ, и Вон, Джек и Слоан должны спасти ее. Но они должны спасти ее, прежде чем она подвергнется опасной хирургии, чтобы восстановить ее память. Также Лорен вынуждена выбирать между NSC и Воном.
Во время путешествия по пустыне Сидни делает шокирующее открытие и соглашается принять участие в экспериментальной процедуре, проводимой диким доктором, созданной для того, чтобы восстановить ее воспоминания о последних двух годах.
Сидни выводит Уилла из программы защиты свидетелей, чтобы установить личность «Св. Айдан», но во время своей миссии они сталкиваются со старым врагом. Тем временем Сарк встречает своего отца.
Сидни наконец узнает, что пропала без вести на два года.
Вон и Сидни отправляются в Северную Корею, чтобы получить информацию от контакта, но когда они там застревают, Джек звонит женщине, которая знает Ирину, чтобы помочь спасти их.
Сидни и Вайс вынуждены убедить Тори Каммингс, проектировщика систем безопасности, помочь им взломать систему реагирования на летальные исходы, чтобы они могли получить повестку дня Долеака и опередить Ковенант.
Сидни и Вон попадают в засаду, пытаясь получить бомбу. Тем временем Слоан рассказывает доктору Барнетту свой самый большой секрет, и Сарк и Лорен сближаются.
Сидни и Вон должны убедить производителя бомб Дэниела Райана, что они являются частью Завета, чтобы выяснить, где он спрятал одно из своих устройств. Но Сидни обнаруживает, что ее связи с террористом могут привести его к спящему заданию.
Диксон и Сидни должны помочь спасти детей Диксон после того, как их похищает Сарк. Тем временем Лорен вынуждена работать со своим отцом. Кроме того, Слоан представлена как крот ЦРУ.
Вон и Сидни отправляются на охоту за Казари Бомани, чтобы найти часть карты Рамбальди. Тем временем Джек рассказывает сенатору Риду о своих взглядах на дочь. Кроме того, Вон решает, что хочет расстаться с Лорен.
Сидни и Джек говорят Вону, что считают Лорен кротом, но он не хочет ему верить. Тем временем Сарк и Бомани берут машину Рембальби. Кроме того, Сидни и Вон вынуждены остановить вирус Ковенанта, который наносит ущерб медицинским учреждениям мира. И Слоан раскрывает Джеку свой самый большой секрет.
Вон вынужден притворяться, что состоит в «счастливом браке», когда узнает о лжи и секретах своей жены. Но он приходит в шок, когда узнает, что Оливия, мать Лорен, тоже является частью Завета. Кроме того, Джек отказывается сообщить ЦРУ, что может спасти Слоан жизнь. Кроме того, Джек показывает Пассажира Сидни.
Узнав местонахождение Пассажира, Джек и Сидни просят Слоана о помощи в их поисках. Кроме того, Сарк и Лорен похищают Вона и пытают его, чтобы узнать, где находится Пассажир.
С помощью Кати Деревко и заключенного в тюрьму дизайнера систем безопасности ЦРУ Тони Каммингс Сидни и Вон пытаются выследить Слоан и Надю. Но Лорен и Сарк также преследуют их по горячим следам, чтобы раскрыть секреты Рамбальди. Тем временем одержимость Вона поиском Лорен начинает поглощать его, Сидни и Вон меняют столы со старым врагом, а Катя выражает свое влечение к Джеку.
Вон пытается найти свою жену и сделает все, чтобы это сделать. Когда он узнает, где находится его жена, он сделает все, чтобы обнять ее, хотя Сидни этого не одобряет, но когда миссия заканчивается тем, что Вон попадает в больницу, Сидни решает, что пришло время обнять Лорен. Также Надя вынуждена решить, может ли она доверять отцу.
