Де виходить: Cartoon Network
Скільки серій в 2 сезоні: 13 серій
Нова місія ніндзя — навчити Ллойда, і вони знаходять місце, щоб почати навчання. Тим часом лорд Гармадон поневолює серпантин, щоб він перетворив уламки Destiny Bounty на свій новий корабель.
Лорд Гармадон повертає до життя піратів Destiny Bounty, але вони захоплюють нову Black Bounty і атакують місто Ніндзяго. Поки ніндзя захищає місто, Ллойд відкриває свою силу спінджитцу.
Коли наших героїв запрошують назад до школи-інтернату Дарклі, вони виявляють, що це пастка, влаштована лордом Гармадоном і його злими копіями ніндзя, створеними новою мега-зброєю Гармадона.
Коли ніндзя дізнаються, що Додзьо Даррета буде знищено, а Даррет не має грошей, щоб врятувати його, наші герої беруть участь у щорічному забігу NinjaBall Run, щоб виграти грошовий приз, щоб врятувати Додзьо.
Коли ніндзя заважає Гармадону використати його мега-зброю, щоб «повернути годинник назад» і оживити скам’янілості монстра, ніндзя зазнають ударів і перетворюються на дітей, і тепер змушені заручитися допомогою Ллойда, щоб битися з пробудженим монстром.
Коли Гармадон подорожує в часі, щоб скасувати минуле та позбавити ніндзя від майбутнього, ніндзя слідує за ним і намагається зупинити його, використовуючи золоту зброю з минулого, щоб зіткнутися з мега-зброєю Гармадона.
Ніндзя зіткнувся з експонатом кам’яного воїна-самурая, якого ожила токсична отрута Великого Пожирача, а Гармадону вдається знайти легендарний Темний острів, який, як кажуть, містить темні сили.
Ніндзя намагаються втекти від решти Кам’яної армії, яка була оживлена токсичною отрутою Пожирача, і все стає набагато гірше, коли Гармадон прибуває з «Шоломом темряви» та захоплює контроль над Кам’яною армією.
Ніндзя, Ллойд, Сенсей Ву та Місако вирушають на Темний острів, щоб знайти «Храм світла», який може відновити стихійні сили ніндзя, але на них нападають Зіркозуби (зіркові риби, схожі на вусоногі), які починають поїдати їхній корабель.
Після битви з Кам’яною армією Гармадона ніндзя нарешті прибувають до Храму Світла, де вони використовують свої чисті стихійні здібності, зосереджуючи їх на Ллойді, який стає могутнішим, ніж він собі уявляв.
Коли спроба ніндзя повернути «Шолом Темряви» Гармадона на місце біля Небесного Годинника, щоб не допустити початку останньої битви між Ллойдом і його батьком, провалюється, створюється Суперзброя, яка може знищити весь Ніндзяго.
Остаточна зброя Гармадона, Гарматрон (який фактично є гігантською гарматою), завершена. Повелитель, Кам'яне військо та Гармадон ведуть машину до узбережжя Темного острова, але не раніше, ніж випробувати її на Нья. Ніндзя переслідують Гармадона до узбережжя та виявляють, що Нья стала злою, отримавши в процесі всі темні здібності Гармадона. Кай, Джей, Зейн і Коул залишаються, щоб розібратися з Нією, а Ллойд, Місако і Сенсей Ву поспішають зупинити Гарматрон. Вони зазнають невдачі, і Гармадон перетворює село Джамонкай і місто навколо Чотири зброї на зло. Зміщення балансу добра і зла дозволяє Володарю заволодіти тілом Гармадона і почати перетворюватися в його початкову форму. Ллойд кидає йому виклик, але отримує поранення в результаті бою.
Час для ніндзя спливає, оскільки Повелитель досяг міста Ніндзяго. Однак ніндзя, Сенсей Ву, Місако та Тінкерер все ще не можуть повернутися в Ніндзяго.
