Где выходит: Cartoon Network
Сколько серий в 2 сезоне: 13 серий
Новая миссия ниндзя — тренировать Ллойда, и они находят место, где можно начать обучение. Тем временем Лорд Гармадон порабощает змеевика, превращая обломки Судьбы в свой новый корабль.
Лорд Гармадон возвращает к жизни пиратов Destiny Bounty, но они захватывают новую Black Bounty и атакуют Ниндзяго-Сити. Пока ниндзя защищают город, Ллойд раскрывает свою силу Кружитцу.
Когда наших героев приглашают обратно в школу-интернат Даркли, они обнаруживают, что это ловушка, устроенная Лордом Гармадоном и его злыми копиями ниндзя, созданными с помощью нового Мега-оружия Гармадона.
Когда ниндзя узнают, что додзё Модзё Даррета должно быть разрушено, а у Даррета нет денег, чтобы спасти его, наши герои участвуют в ежегодном забеге NinjaBall Run, чтобы выиграть денежный приз и спасти додзё.
Когда Ниндзя мешают Гармадону использовать его Мега-оружие, чтобы «повернуть время вспять» и оживить окаменелости монстра, Ниндзя получают удары, превращаются в детей и теперь вынуждены заручиться помощью Ллойда, чтобы сразиться с пробудившимся монстром.
Когда Гармадон путешествует во времени, чтобы отменить прошлое и избавить Ниндзя от будущего, Ниндзя следуют за ним и пытаются остановить его, используя Золотое Оружие из прошлого, чтобы сразиться с Мегаоружием Гармадона.
Ниндзя сражаются с каменным воином-самураем, которого оживил токсичный яд Великого Пожирателя, в то время как Гармадону удается найти легендарный Темный остров, который, как говорят, обладает темными силами.
Ниндзя пытаются бежать от остальной части Каменной Армии, которая была оживлена токсичным ядом Пожирателя - и ситуация становится намного хуже, когда прибывает Гармадон с «Шлемом Тьмы» и захватывает контроль над Каменной Армией.
Ниндзя, Ллойд, Сэнсэй Ву и Мисако отправляются на Темный остров, чтобы найти «Храм Света», который может восстановить стихийные силы ниндзя, но подвергаются нападению Старзубов (звездных рыб, похожих на ракообразных), которые начинают разъедать их корабль.
После битвы с Каменной армией Гармадона Ниндзя наконец прибывают в Храм Света, где используют свои чистые силы стихий, концентрируя их на Ллоеде, который становится более могущественным, чем он когда-либо мог себе представить.
Когда попытка ниндзя вернуть «Шлем Тьмы» Гармадона на его место у Небесных Часов, чтобы предотвратить начало финальной битвы между Ллойдом и его отцом, терпит неудачу, создается Супероружие, которое может уничтожить весь Ниндзяго.
Совершенное оружие Гармадона, Гарматрон (который по сути представляет собой гигантскую пушку), готово. Оверлорд, Каменная армия и Гармадон едут на машине к побережью Темного острова, но не раньше, чем проверят ее на Ние. Ниндзя преследуют Гармадона до побережья и обнаруживают, что Ния стала злой, получив при этом все темные способности Гармадона. Кай, Джей, Зейн и Коул остаются, чтобы разобраться с Нией, а Ллойд, Мисако и сэнсэй Ву спешат остановить Гарматрона. Они терпят неудачу, и Гармадон превращает деревню Джамонкай и город вокруг Четырех Оружий во зло. Изменение баланса добра и зла позволяет Оверлорду овладеть телом Гармадона и начать трансформироваться в свою первоначальную форму. Ллойд бросает ему вызов, но в результате битвы получает травму.
Время ниндзя истекает, поскольку Оверлорд достиг города Ниндзяго. Однако ниндзя, Сэнсэй Ву, Мисако и Тинкерер все еще не могут вернуться в Ниндзяго.
