Где выходит: Syfy
Для какого возраста: 10+
Сколько серий в 2 сезоне: 20 серий
Новый линейный крейсер Земли Дедал прибывает под командованием полковника Колдуэлла и спасает майора Шеппарда от его самоубийственного захода на корабли Улья Призраков. Маккей и его команда должны установить новый ZPM и поднять городские щиты, чтобы защитить Атлантиду, прежде чем остальная часть флота Призраков прибудет, чтобы захватить город.
Daedalus заражен компьютерным вирусом Wraith. Доктор Маккей и его команда должны остановить это, поскольку члены экспедиции Атлантиды возвращаются с Земли после встречи в SGC благодаря ZPM. Во время встречи в SGC доктор Вейр узнает, что Пентагон планирует заменить майора Шеппарда полковником Колдуэллом.
Шеппард и его команда пытаются найти лейтенанта Форда, но оказываются в плену у молодого человека, за которым охотится Призрак.
После того, как Маккея и лейтенанта Лору Кэдман убивают дротиком Призрака, команда Шеппарда сбивает его. После попытки рематериализовать пару разум лейтенанта Кэдмана оказывается в теле Маккея.
Команда Шеппарда обнаруживает планету, нетронутую Призраками, потому что правительство отправляет своих преступников на исправительный остров, чтобы Призраки питались ими. Джампер Шеппарда сбит и разбивается на острове.
Ронон Декс обнаруживает, что небольшое количество его людей пережило нападение Призраков на его планету, включая его бывшего военного тренера, с которым у него есть незаконченные дела. Тем временем Маккей подвергает Атлантиду риску, когда пытается раскрыть секреты древнего источника энергии.
Во время миссии Шеппард и его команда узнают, что одинокий Призрак, чей дротик разбился, и он не смог добраться до космических врат, уже около десяти лет терроризирует деревню. Они предлагают помощь, но вскоре после того, как они начинают охотиться, Тейла чувствует, что с этим Призраком что-то не так.
После заражения ретровирусом тело Шеппарда начинает мутировать во что-то похожее на насекомое. Беккет и его команда пытаются найти лекарство, пока мутация не зашла слишком далеко.
Команда находит большой корабль Древних под названием «Аврора», дрейфующий на краю галактики, и на его борту все еще живут Древние.
Команда захвачена лейтенантом Фордом, который сейчас возглавляет банду ренегатов, принимающих фермент Рэйф. Он пытается уговорить Шеппарда и команду помочь ему уничтожить корабль-улей Призраков.
Маккей пытается спасти Шеппарда, Тейлу и Ронона с корабля-улья Призраков, который Форд хотел саботировать и уничтожить.
Полковник Шеппард отделяется от своей команды во время исследования древнего устройства; он оказывается в области, где время замедлено и движется быстрее, чем обычно. Доктор Маккей лихорадочно ищет способ спасти Шеппарда до того, как истечет время!
SGC обнаруживает, что The Trust заложил бомбу в Атлантиде, которая взорвется, когда Атлантида наберет Землю. Дедал должен предупредить Атлантиду, и команда должна найти среди них предателя.
Доктор Маккей застрял под водой в тонущем прыгуне по лужам, и ему приходится полагаться на Саманту Картер, чтобы выжить.
Команда обнаруживает точную копию Атлантиды на планете, которую они исследуют. Планету защищает Защитник, который использует технологию, чтобы держать жителей деревни в узде и держать Призраков подальше. Защитник умирает, а Шеппард оказывается вовлеченным в спор между наследниками престола.
Инопланетные бойцы пытаются свести старые счеты, используя Вейра и Шеппарда в качестве пешек.
Когда команда Атлантиды узнает, что джинны превратились в новую угрозу, они понимают, что перемирию с их старым врагом может скоро прийти конец.
Лейтенант Майкл Кенмор, страдающий амнезией, подозревает, что персонал Атлантиды лжет ему о том, что на самом деле произошло с ним во время его последней миссии против Призрака.
Доктор Маккей должен спасти команду, когда они застревают на планете с супервулканом, из которой не видно выхода.
Атлантида объединяет силы с фракцией Призраков во главе с Майклом, Призраком, которого они пытались превратить в человека, который ищет их помощи в уничтожении их общих врагов.
