Де виходить: Syfy
Для якого віку: 10+
Скільки серій в 2 сезоні: 20 серій
Прибуває новий лінійний крейсер Землі «Дедал» під командуванням полковника Колдвелла та рятує майора Шеппарда від його самогубства на кораблях Вулика Привидів. Маккей і його команда повинні встановити новий ZPM і підняти міські щити, щоб захистити Атлантиду, перш ніж решта флоту Wraith прибуде, щоб захопити місто.
Дедал заражений комп'ютерним вірусом Wraith. Доктор Маккей і його команда повинні припинити це, оскільки учасники експедиції Atlantis повертаються із Землі після зустрічі в SGC завдяки ZPM. Під час зустрічі в SGC доктор Вейр дізнається, що Пентагон планує замінити майора Шеппарда на полковника Колдвелла.
Шеппард і його команда намагаються знайти лейтенанта Форда, але опиняються в полоні молодого чоловіка, за яким полюють Привиди.
Після того, як Маккей і лейтенант Лаура Кедман були вбиті дротиком Wraith, команда Шеппарда збиває його. Після спроби повторно матеріалізувати пару, розум лейтенанта Кедмена закінчується тим, що ділиться тілом Маккея.
Команда Шеппарда виявляє планету, якої не торкнувся Привид, оскільки уряд відправляє своїх злочинців на карний острів, щоб Привид харчувався ним. Джемпер Шеппарда збитий і розбивається на острові.
Ронон Декс дізнається, що невелика кількість його людей пережила атаку Рейта на його планету, включаючи його колишнього військового тренера, з яким він має незавершені справи. Тим часом Маккей наражає Атлантиду на небезпеку, коли намагається розкрити таємниці стародавнього джерела енергії.
Під час місії Шеппард і його команда дізнаються, що самотній Привид — чий дротик розбився, через що він не зміг дістатися до космічних воріт — тероризує село вже близько десяти років. Вони пропонують допомогу, але незабаром після того, як вони починають полювати, Тейла відчуває, що з цим Привидом щось не так.
Після зараження ретровірусом тіло Шеппарда починає мутувати в щось схоже на комаху. Беккет і команда намагаються знайти ліки, поки мутація не зайшла надто далеко.
Команда знаходить великий Стародавній корабель під назвою «Аврора», що дрейфує на краю галактики, і на борту все ще живуть Стародавні.
Команда захоплена лейтенантом Фордом, який зараз очолює банду ренегатів, які приймають фермент Wraith. Він намагається змусити Шеппарда та команду допомогти йому вивезти корабель-вулик Wraith.
Маккей намагається врятувати Шеппарда, Тейлу та Ронона з корабля-вулика Wraith, який Форд хотів саботувати та знищити.
Полковник Шеппард відокремлюється від своєї команди під час дослідження стародавнього пристрою; він опиняється у сфері, де час затягується, прогресуючи швидше, ніж зазвичай. Доктор Маккей гарячково шукає спосіб врятувати Шеппарда до того, як закінчиться час!
SGC дізнається, що The Trust заклав бомбу в Атлантиду, яка вибухне, коли Атлантида набере Землю. Дедал повинен попередити Атлантиду, і команда повинна знайти зрадника серед них.
Доктор Маккей потрапив під воду в тонучий Puddle Jumper, і йому доводиться покладатися на Саманту Картер, щоб вижити.
Команда виявляє точну копію Атлантиди на планеті, яку вони досліджують. Планету захищає Захисник, який використовує цю технологію, щоб тримати жителів села в черзі та подалі від Привидів. Протектор помирає, а Шеппард втягнутий у суперечку між спадкоємцями престолу.
Інопланетні бойовики прагнуть звести давні рахунки, використовуючи Вейра та Шеппарда як пішаків.
Коли команда Атлантиди дізнається, що Генії перетворилися на нову загрозу, вони розуміють, що перемир’я з їхнім старим ворогом може незабаром закінчитися.
Лейтенант Майкл Кенмор, який страждає на амнезію, підозрює, що персонал Атлантиди бреше йому про те, що насправді сталося з ним під час його останньої місії проти Привидів.
Доктор Маккей повинен врятувати команду, коли вони опиняються на планеті з супервулканом, з якого не видно виходу.
Atlantis об’єднує сили з фракцією Wraith на чолі з Майклом, Wraith, якого вони намагалися перетворити на людину, який шукає їхньої допомоги у знищенні спільних ворогів.
