Сколько серий в 6 сезоне: 13 серий
Солдат-клон Тап страдает тяжелым неврологическим расстройством, из-за которого скончался мастер-джедай. Пытаясь найти мотивы убийства, Энакин сопровождает Тапа обратно на Камино для допроса, но тут на них нападают сепаратисты...
Солдат-клон Тап проходит медицинское обследование в стерильных лабораториях Камино, чтобы выяснить мотивы его шокирующего нападения на мастера-джедая. Чтобы экзамен прошел успешно, Arc Trooper Fives должен проникнуть в глубины разума Тапа, где он находит манипуляцию с секретным кодом в программе клонирования Республики.
Солдат-клон Тап доставлен обратно на Корусант, где его тело должен осмотреть личный врач канцлера. Arc Trooper Fives также расследует это дело и обнаруживает, что в умах всех клонов спрятан модифицированный код...
Fives все еще пытается найти ответы на загадочные действия клона-кадета Тапа. Надеясь лично поговорить с канцлером Палпатином, Файвз внезапно оказывается обвиненным в попытке обнять канцлера и решает сбежать.
Во время миссии милосердия на планете Сципион старая любовь Падме Амидалы, Раш Кловис, связывается с ней и просит о помощи. Выступив против коррупции на своей планете, Хлодвиг теперь стал целью охотника за головами Эмбо. Вместе с Падме он сейчас пытается покинуть свою планету и получить помощь...
Вернувшись на Корусант, Хлодвиг заключает сомнительную сделку, чтобы стать лидером своего клана, глубоко погрязшего в коррупции. Энакин не доверяет Хлодвигу, что вызывает напряженность в его отношениях с Падме.
Заключив сделку с графом Дуку, Хлодвиг оказывается втянутым в войну. Поскольку именно он принес войну на свою родную планету Сципион, Республика теперь вынуждена вмешаться.
Мирному миру Бардотта угрожает древнее пророчество. Поскольку теперь бесследно исчезли ее духовные лидеры, люди Бардотты просят помощи у своего представителя в сенате. И Джар-Джа Бинксу действительно удается убедить мастера-джедая Мейса Винду, что это дело имеет огромное значение...
Возлюбленная Джа-Джа Бинкса, королева планеты Бардотта Джулия, была похищена кровожадным культом Франгоула, чтобы исполнить темное и древнее пророчество. Представитель Бинкс и мастер-джедай Винду должны найти пропавшую королеву, прежде чем культ сможет прийти к власти.
Миссия джедаев находит световой меч, принадлежащий давно умершему мастеру Сайфо-Диасу, что побудило Йоду, Оби-Вана Кеноби и Энакина Скайуокера провести расследование его десятилетнего исчезновения. Это побуждает Дарта Сидиуса приказать Дарту Тиранусу убрать все незавершенные дела, которые могут привести джедаев к раскрытию правды о заговоре ситхов.
Йода глубоко встревожен, когда слышит голос из-за могилы: голос Квай-Гона Джинна. Зная, что джедай не может сохранить свою личность после смерти, Совет джедаев начинает беспокоиться, что Йода может быть испорчен влиянием темной стороны. Решив найти ответы, Йода сбегает из Храма джедаев, чтобы последовать за бестелесным голосом.
Позволив Силе вести себя, Йода отправляется в самое сердце галактики, в древний мир, являющийся одним из источников Силы. Йода проходит тяжелые испытания, проводимые Пятью Жрицами, таинственными обладателями Силы, которые хранят секрет бессмертия.
После многих изнурительных испытаний Йода отправляется на древнюю родину ситхов, ныне известную как Морабанд, где ему предстоит столкнуться с древним злом, решившим править галактикой.
