Скільки серій в 6 сезоні: 13 серій
Солдат-клон Тап страждає від серйозного неврологічного розладу, через яке помер майстер-джедай. Намагаючись знайти мотиви вбивства, Енакін супроводжує Туп назад до Каміно для обстеження, але потім на них нападають сепаратисти...
Солдат-клон Тап проходить медичне обстеження в стерильній лабораторії Каміно, щоб знайти мотиви його шокуючого нападу на майстра-джедая. Щоб перевірка пройшла успішно, Arc Trooper Fives повинен проникнути в глибини розуму Тапа, де він знаходить секретну маніпуляцію кодом у програмі клонування Республіки.
Солдат-клон Туп повертається на Корусант, де його тіло має оглянути особистий лікар канцлера. Arc Trooper Fives також розслідує цю справу та виявляє, що модифікований код був прихований у головах усіх клонів...
Fives досі намагається знайти відповіді щодо таємничих дій курсанта-клона Тупа. Сподіваючись особисто поговорити з канцлером Палпатіном, Фівз раптово виявляється звинуваченим у спробі обійняти канцлера, і вирішує втекти.
Під час місії милосердя на планеті Сципіон Раш Кловіс, старий коханець Падме Амідали, зв’язується з нею і просить допомоги. Виступивши проти корупції на своїй планеті, Кловіс тепер став мішенню мисливця за головами Ембо. Разом із Падме він зараз намагається покинути свою планету та отримати допомогу...
Повернувшись на Корусант, Кловіс укладає сумнівну угоду, щоб стати лідером свого клану, який глибоко загруз у корупції. Енакін не довіряє Кловісу, що спричиняє напругу в його стосунках із Падме.
Уклавши угоду з графом Дуку, Хлодвіг виявляється втягнутим у війну. Оскільки саме він приніс війну на свою рідну планету Сципіон, Республіка тепер змушена втрутитися.
Мирному світу Бардотти загрожує стародавнє пророцтво. Оскільки з усіх часів його духовні лідери зникли, люди Бардотти звертаються за допомогою до свого представника в сенаті. І Джар-Джар-Бінкс справді вдається переконати майстра-джедая Мейса Вінду, що ця справа надзвичайно важлива...
Улюблену Джара Джара Бінкса, королеву планети Бардотту Джулію, викрав кровожерливий культ Франгол, щоб виконати темне та давнє пророцтво. Представник Бінкс і майстер-джедай Вінду повинні знайти зниклу королеву, перш ніж культ здобуде силу.
Місія джедаїв знаходить світловий меч, який належав давно померлому Майстру Сіфо-Діасу, що спонукає Йоду, Обі-Вана Кенобі та Енакіна Скайвокера розпочати розслідування його десятирічного зникнення. Це спонукає Дарта Сідіуса наказати Дарту Тіранусу прибрати будь-які нерозв’язані справи, які можуть змусити джедаїв відкрити правду про змову ситхів.
Йода глибоко збентежений, коли чує голос із-за могили: голос Квай-Гона Джинна. Знаючи, що джедаю неможливо зберегти свою особистість після смерті, Рада джедаїв починає хвилюватися, що Йода може бути зіпсований впливом темної сторони. Сповнений рішучості знайти відповіді, Йода втікає з храму джедаїв, щоб піти за безтілесним голосом.
Дозволивши Сили вести його, Йода відправляється в серце галактики до стародавнього світу, який є одним із джерел Сили. Йода проходить важкі випробування п’ятьма жрицями, таємничими володарками Сили, які володіють секретом безсмертя.
Після багатьох виснажливих випробувань Йода вирушає до стародавнього рідного світу ситхів, тепер відомого як Морабанд, де він повинен зіткнутися з давнім злом, яке має намір правити галактикою.
