Скільки серій в 3 сезоні: 22 серії
Щоб утриматися від викиду з Академії, п'ятеро курсантів-клонів повинні навчитися працювати разом і реалізувати своє майбутнє як солдатів Республіки.
Коли сепаратисти на чолі з Асадж Вентресс і генералом Грівусом планують знищити заводи з клонування на Каміно, Енакін і Обі-Ван приходять на допомогу клонам у захисті рідної планети.
Сили майстра-джедая Ді та Чама Синдулли потрапили в пастку на Рилоті. Сенатор Бейл Органа та Джар Джар Бінкс відправляються в Тойдарію, щоб отримати допомогу в порятунку Майстра-джедая та місцевих військ.
Сім'ю голови Папанодії викрадають і утримують за викуп. Асока має об’єднатися з сенатором від Пантори, Рійо Чучі, щоб допомогти новому голові відновити його сім’ю, перш ніж Торгова Федерація зможе надмірно вплинути на майбутнє його планети.
Коли Падме відвідує герцогиню Сатін на Мандалор, епідемія вражає молодь однієї з Академій. Після деякого розслідування Сатін і Падме розкривають змову.
На превелике її незадоволення, Асокі доручили викладати в академії на Мандалоре.
Під час місії захисту сенатора Амідали Асока починає мати періодичні видіння певного мисливця за головами.
Полювання розпочато на Хатта Зіро після того, як йому якимось чином вдалося втекти з ув’язнення.
Падме та Асока вирушають у тилу ворога, щоб спробувати укласти мирний договір із Конфедерацією незалежних систем.
Сенатори Амідала, Органа та Фарр беруть участь у боротьбі в Сенаті, намагаючись зупинити законопроект, який передбачає створення ще однієї групи клонів для ведення нескінченної війни проти сепаратистів.
За допомогою нічних сестер Датоміра Асадж Вентресс прагне помститися своєму колись господарю, графу Дуку.
