Для якого віку: 15+
Скільки серій в 3 сезоні: 10 серій
Папа Олександр бореться за своє життя; кардинали борються за контроль над папством; Чезаре і Мікелетто вистежують вбивцю; Делла Ровере готується зробити свій хід.
Папа Олександр доручає кардиналу Сфорца розпочати інквізицію серед кардиналів, які політично діяли проти нього. Маючи необхідні докази, Олександр звільняє та виганяє всіх кардиналів, яким не довіряє. Тим часом Катерина Сфорца наказує Руфіо шукати підтримки у найманців-воєначальників сімей Романьї. Лукрецію дратує її майбутні свекрухи, і її ситуація ще більше ускладнюється, оскільки вона розуміє, що її почуття до Чезаре стають чимось більшим, ніж сестринські.
У той час, як очищених кардиналів звільняють і позбавляють титулів і багатства, один із них у гніві підпалює скарбницю Ватикану. Розлючений зарозумілою відмовою нового короля Фердинанда прийняти Джованні як дитину Лукреції, Чезаре їде до Неаполя, щоб вирішити проблему. Після весілля Лукреції та Альфонсо Альфонсо розуміє, що політичні піски зрушуються — і не на його користь. Засмучений, він залишає Лукрецію одну в їхню шлюбну ніч, заганяючи її в обійми іншого.
Новопризначений кардинал Фарнезе поміщається в казначейство і швидко виявляє крадіжку Версуччі. Мікелетто відправляється знайти норовливого кардинала. Тим часом, почувши прохання Венеції про допомогу, Олександр, побачивши в цьому можливість поповнити скарбницю, різко закликає до хрестового походу. Кардинали беруть участь у «бенкеті каштанів». В іншому місці король Фердинанд дізнається, що шлюб Лукреції та Альфонсо не був укладений.
Дипломатична місія Чезаре до Франції завершилася успіхом за допомогою його старого радника Макіавеллі. Повернувшись у Рим, зваблива і небезпечно божевільна Б’янка робить різку заяву. Лукреція їде до Неаполя в супроводі чоловіка та Мікелетто. Король Фердинанд залишається непохитним у своїй рішучості, щоб маленький Джованні не був визнаний при дворі. Дізнавшись про це, Лукреція будує змову проти нього.
Коли Чезаре висаджується на півночі Італії з французькою армією, Олександр розлючений через те, що він бачить як виклик його владі, але неохоче приєднується до плану Чезаре знищити династію Сфорца. Тим часом Катерина придумала власний сюжет: біологічна війна. Занепокоєний відсутністю коштів для свого хрестового походу, Олександр накладає штрафні податки на новоприбулу єврейську громаду.
Чезаре спалює палац Констанцо, щоб стримати чуму. Лукреція, усвідомлюючи, що політичний вітер у Франції змінився, шукає неаполітанської бази влади для себе та своєї родини. Лукреція шантажує принца Рафаеля, і принц Фредеріго замінює Фердинанда на посаді короля.
Паломники ринуть до Риму на святкування Ювілейного року, але Катерина Сфорца має план зіпсувати прибутковий фестиваль Олександра. Тим часом Лукреція відчуває зміни в новоспеченому Фредеріго і розуміє, що вона перебуває під постійним наглядом королівської гвардії. Лукреція, Чезаре та Мікелетто розкривають змову з метою обдурити родину Борджіа.
Спустошений своєю зрадою Мікелетто обіймає свою кохану і зникає. Чезаре мчить до Неаполя, щоб врятувати Лукрецію. Брат і сестра врешті-решт возз’єднуються і настільки радіють, що бачать одне одного, що Альфонсо починає підозрювати, що їхні стосунки здаються більшими, ніж стосунки звичайних братів і сестер. Олександр планує завоювати ринок італійської сірки – основного інгредієнта пороху.
Олександр і Чезаре нарешті примиряються. Папська армія була зміцнена за рахунок грошей, заощаджених під час хрестового походу, і доходів від Ювілею. Чезаре відправляє свою грізну армію, щоб завершити розпочате Хуаном — обложити Форлі. Знову з'являється Мікелетто. Після бійки з Чезаре п’яний Альфонсо майже проходить повз, і Лукреція звертається до її зілля, щоб безболісно покінчити з ним. Чезаре клянеться, що Лукреція тепер буде його назавжди.
