Для какого возраста: 15+
Сколько серий в 3 сезоне: 10 серий
Папа Александр борется за свою жизнь; кардиналы борются за контроль над папством; Чезаре и Микелетто выслеживают убийцу; Делла Ровере готовится сделать свой ход.
Папа Александр поручает кардиналу Сфорца начать расследование среди кардиналов, которые вели против него политику. Имея необходимые ему доказательства, Александр увольняет и изгоняет всех кардиналов, которым не доверяет. Тем временем Катерина Сфорца приказывает Руфио искать поддержки у наемных военачальников из семей Романьи. Лукрецию раздражает то, что ее родственники должны быть, и ее ситуация еще более усложняется, когда она понимает, что ее чувства к Чезаре становятся чем-то большим, чем сестринские.
Когда очищенных кардиналов увольняют и лишают титулов и богатства, один из них в гневе поджигает казну Ватикана. Возмущенный высокомерным отказом нового короля Фердинанда принять Джованни как ребенка Лукреции, Чезаре едет в Неаполь, чтобы решить проблему. После свадьбы Лукреции и Альфонсо Альфонсо понимает, что политические пески меняются — и не в его пользу. Расстроенный, он бросает Лукрецию одну в первую брачную ночь, толкая ее в объятия кого-то другого.
Новоназначенный кардинал Фарнезе помещается в Казначейство и быстро обнаруживает кражу Версуччи. Микелетто отправляется на поиски своенравного кардинала. Между тем, услышав просьбу Венеции о помощи, Александр, видя в этом возможность пополнить казну, резко призывает к крестовому походу. Кардиналы участвуют в «пиршестве каштанов». В другом месте король Фердинанд узнает, что брак Лукреции и Альфонсо не состоялся.
Дипломатическая миссия Чезаре во Франции увенчалась успехом благодаря помощи его старого советника Макиавелли. Вернувшись в Рим, соблазнительная и опасно безумная Бьянка делает резкое заявление. Лукреция едет в Неаполь в сопровождении мужа и Микелетто. Король Фердинанд остается непоколебимым в своей решимости, что маленький Джованни не будет признан при дворе. Узнав об этом, Лукреция строит против него заговор.
Когда Чезаре высаживается в северной Италии с французской армией, Александр приходит в ярость из-за того, что он видит вызов своей власти, но неохотно соглашается с планом Чезаре по уничтожению династии Сфорца. Тем временем Катерина придумала собственный сюжет: биологическое оружие. Обеспокоенный нехваткой средств для своего крестового похода, Александр облагает вновь прибывшую еврейскую общину карательными налогами.
Чезаре сжигает дворец Констанцо, чтобы остановить чуму. Лукреция, зная, что политический ветер изменился в сторону Франции, ищет неаполитанскую опору для себя и своей семьи. Лукреция шантажирует принца Рафаэля, и принц Фредериго заменяет Фердинанда на посту короля.
Паломники устремляются в Рим на празднование юбилейного года, но у Катерины Сфорца есть план испортить прибыльный фестиваль Александра. Тем временем Лукреция чувствует перемену в недавно коронованном Фредериго и понимает, что она находится под постоянным наблюдением королевской гвардии. Лукреция, Чезаре и Микелетто раскрывают заговор с целью обмана семьи Борджиа.
Опустошенный предательством, Микелетто обнимает возлюбленную и исчезает. Чезаре мчится в Неаполь, чтобы спасти Лукрецию. Брат и сестра в конце концов воссоединяются и так рады видеть друг друга, что Альфонсо начинает подозревать, что их отношения кажутся больше, чем отношения обычных братьев и сестер. Александр планирует монополизировать рынок итальянской серы — ключевого ингредиента пороха.
Александр и Чезаре наконец примиряются. Папская армия была укреплена за счет денег, сэкономленных во время Крестового похода, и доходов от Юбилея. Чезаре ведет свою устрашающую армию, чтобы закончить начатое Хуаном - осадить Форли. Микелетто снова появляется. После драки с Чезаре пьяный Альфонсо близок к прохождению, и Лукреция обращается к своим зельям, чтобы безболезненно покончить с его жизнью. Чезаре клянется, что Лукреция теперь будет его навсегда.
