Для якого віку: 13+
Скільки серій в 2 сезоні: 22 серії
Сідні опиняється віч-на-віч з матір'ю. Крім того, Сідні починає хвилюватися за Вона, оскільки вона не може його знайти. Крім того, життя Вілла змінюється після того, як він дізнається про SD-6 та інше життя Сідні, і Діксон не впевнений, чи варто йому розповідати Слоун про підозрілу поведінку Сідні.
Сідні не впевнена, чи була доброта її матері справжньою чи це була спроба обійняти її. Тим часом Слоун стає партнером Альянсу дванадцяти, і Вілл бачить, як Френсі розмовляє з чоловіком про її ресторан, який, можливо, не найкращий хлопець.
Сідні потрібно перехитрити Сарка, щоб отримати важливу інформацію. Крім того, Джек стикається з Іриною через 20 років. І Вілл зустрічає Вона, а Слоана переслідує смерть його дружини.
Після зустрічі Сідні з матір'ю Джек хвилюється і вживає рішучих заходів, щоб забезпечити її безпеку. Також Вілл зустрічає загадкову жінку.
Сідні відкриває страхітливу таємницю під час місії по відслідкуванню зброї нового віку. Тим часом Вон підозрює, що Джек налаштовує Ірину на крах. Крім того, Слоун розповідає Джеку правду про смерть Емілі
Сідні починає втрачати довіру до свого батька. Тим часом Вон і Сідні, можливо, піддалися впливу смертельного вірусу в Тайбеї. Крім того, Вон наймає Вілла, щоб він допоміг у розслідуванні справи.
Сідні знаходить ліки від Вона, але щоб отримати його, вона повинна укласти угоду з Сарком, що може ризикувати життям Слоун. Тим часом Вілл знаходить дивні невідповідності в тестах IQ 20-річної давності
Сідні, Джек та Ірина повинні поїхати до Індії, щоб зупинити випуск шести ядерних боєприпасів. Тим часом Слоун дізнається, що його дружина жива. Крім того, Сарк приєднується до SD-6.
Під час місії в Індії з пошуку шести ядерних боєприпасів Джек і Сідні розуміють, у чому полягає відданість Ірини. Крім того, Слоун розповідає Альянсу, що Емілі була ще жива.
Джек знайомиться з Аріаною Кейн, керівником контррозвідки Альянсу, яка розслідує викрадення Емілі та шантажує Слоун. Тим часом Маршалл виконує свою першу місію з Сіднеєм. Крім того, Вон призначає перевірку CIA pyshc, і Френсі починає підозрювати поведінку Вілла та Сідні.
Життя Маршалла поставлено на карту після його місії в Сіднеї. Тим часом Джек стає головним підозрюваним у зникненні Емілі. Крім того, Вон дізнається про те, як Джек обіймається з Халадкі, і про агента ЦРУ, а Синді розповідає Френсі, що вона закохана в колегу.
Аріана Кейн розпитує Сідні про вдягання її батька. Тим часом Джек отримує допомогу від Ірини для шантажиста Слоана. Крім того, перебуваючи у Франції, Сідней і Вон після цього йдуть на вечерю, майже розкриваючи свої особи SD-6.
Новий режисер приєднується до SD-6 після того, як Слоан зникає, і протистоїть Джеку та Сідні. Вон і Сідні нарешті закрили SD-6. Крім того, між Віллом і Френсі починається роман.
Джек, Сідні та Вон отримують завдання перевірити, чи є агент ЦРУ Леннокс подвійним агентом, після того, як одна з його місій скомпрометована.
Сідні приймає рішення щодо своєї роботи в ЦРУ, що не подобається Вону. Крім того, Слоун продовжує пошуки артефактів Рамбальді, але викрадає вченого та піддає його тортурам. Також Діксон вирішує розповісти правду про свою роботу своїй дружині, яка не дуже добре сприймає нове.
Слоан дізнається секрети пристрою Рамбальді. Тим часом Вон благає про допомогу Діксона в місії з порятунку Сіднея. Вілла допитують, і Сідні починає відчувати, що Френсі щось приховує.
Сідні починає думати, чи Вон лояльний до ЦРУ, коли вона дізнається, що Агентство розслідує його. Ірина намагається зловити Слоун, використовуючи як приманку рукопис Рамбальді. Крім того, Діксон приймає рішення.
Сідні стикається зі своєю матір'ю, і Емілі має прийняти рішення щодо свого чоловіка.
Сідні намагається врятувати полоненого вченого Ніла Каплана всупереч волі свого батька. Крім того, Слоун прагне помститися за смерть своєї дружини. Крім того, «Френсі» намагається отримати від Вілла інформацію ЦРУ.
Артефакт Рамбальді пророкує подію, яка незабаром відбудеться. Вон і доктор Барнетт починають турбуватися про Діксона після смерті його дружини. Крім того, Слоун отримує інформацію від ченця з Непалу, яка змінює його життя.
Сідні починає сумніватися в справжній особистості Вілла після того, як його підозрюють у подвійному агенті. Тим часом Сарк і Ірина намагаються повернути серце Рамбальді, а Джек і Слоун укладають угоду.
Сідні нарешті стикається зі своєю матір’ю, яка розкриває її справжню мотивацію. Слоун, зі свого боку, починає втілювати свій новий грандіозний план, а Вілл намагається з’ясувати, хто стоїть за його підступом.
