Для какого возраста: 13+
Сколько серий в 2 сезоне: 22 серии
Сидни оказывается лицом к лицу с матерью. Кроме того, Сидни беспокоится за Вона, потому что она не может его найти. Кроме того, жизнь Уилла меняется после того, как он узнает о SD-6 и другой жизни Сидни, и Диксон не уверен, должен ли он рассказать Слоан о подозрительном поведении Сидни.
Сидни не уверена, была ли доброта ее матери реальной или это была попытка обнять ее. Тем временем Слоан становится партнером Альянса Двенадцати, и Уилл видит, как Фрэнси разговаривает с мужчиной о своем ресторане, который, возможно, не лучший парень.
Сидни нужно перехитрить Сарка, чтобы получить важную информацию. Также Джек сталкивается с Ириной спустя 20 лет. И Уилл встречает Вона, и Слоана преследует смерть его жены.
После встречи Сидни с ее матерью Джек забеспокоился и принял решительные меры, чтобы обеспечить ее безопасность. Также Уилл знакомится с загадочной женщиной.
Сидни раскрывает пугающую тайну во время миссии по поиску оружия новой эры. Тем временем Вон подозревает, что Джек настраивает Ирину на провал. Кроме того, Слоан рассказывает Джеку правду о смерти Эмили.
Сидни начинает терять доверие к отцу. Тем временем Вон и Сидни могли заразиться смертельным вирусом в Тайбэе. Кроме того, Вон нанимает Уилла для помощи в расследовании дела.
Сидни находит лекарство для Вона, но чтобы получить его, она должна заключить сделку с Сарком, которая может поставить под угрозу жизнь Слоан. Тем временем Уилл находит странные несоответствия в тестах IQ 20-летней давности.
Сидней, Джек и Ирина должны отправиться в Индию, чтобы предотвратить выпуск шести ядерных боеголовок. Тем временем Слоан узнает, что его жена жива. Также Сарк присоединяется к SD-6.
Во время своей миссии в Индии по поиску шести единиц ядерного оружия Джек и Сидни понимают, в чем заключалась лояльность Ирины. Кроме того, Слоан сообщает Альянсу, что Эмили все еще жива.
Джек знакомится с Арианой Кейн, главой контрразведки Альянса, которая расследует похищение Эмили и шантажирует Слоана. Тем временем у Маршалла есть его первая миссия с Сиднеем. Кроме того, Вон назначает тест ЦРУ на психологию, и Фрэнси начинает подозревать поведение Уилла и Сидни.
Жизнь Маршалла поставлена на карту после его миссии с Сидни. Тем временем Джек становится главным подозреваемым в исчезновении Эмили. Кроме того, Вон узнает об объятиях Джека с Халадки и агентом ЦРУ, а Синди рассказывает Фрэнси, что она влюблена в коллегу.
Ариана Кейн расспрашивает Сидни об одежде ее отца. Тем временем Джек получает помощь от Ирины для шантажиста Слоана. Кроме того, находясь во Франции, Сидни и Вон после этого идут куда-нибудь поужинать, почти раскрывая свою личность SD-6.
Новый директор присоединяется к SD-6 после исчезновения Слоана и противостоит Джеку и Сидни. Вон и Сидни наконец закрыли SD-6. Также между Уиллом и Фрэнси начинается роман.
Джеку, Сидни и Вону поручено выяснить, является ли агент ЦРУ Леннокс двойным агентом после того, как одна из его миссий была скомпрометирована.
Сидни принимает решение о своей работе в ЦРУ, что не очень нравится Вону. Кроме того, Слоан продолжает поиски артефактов Рамбальди, но похищает ученого и подвергает его пыткам. Также Диксон решает рассказать правду о своей работе жене, которая не слишком хорошо воспринимает новое.
Слоан узнает секреты устройства Рамбальди. Тем временем Вон умоляет Диксон о помощи в миссии по спасению Сиднея. Уилла допрашивают, и Сидни начинает чувствовать, что Фрэнси что-то скрывает.
Сидни начинает задаваться вопросом, лоялен ли Вон ЦРУ, когда узнает, что Агентство расследует его. Ирина пытается поймать Слоан, используя рукопись Рамбальди в качестве приманки. Кроме того, Диксон принимает решение.
Сидни противостоит своей матери, и Эмили должна принять решение о своем муже.
Сидни пытается спасти захваченного ученого Нила Каплана вопреки воле отца. Также Слоан мстит за смерть жены. Кроме того, «Фрэнси» пытается получить информацию ЦРУ от Уилла.
Артефакт Рамбальди предсказывает скорое событие. Вон и доктор Барнетт начинают беспокоиться о Диксоне после смерти его жены. Также Слоан получает информацию от монаха из Непала, которая меняет его жизнь.
Сидни начинает сомневаться в настоящей личности Уилла после того, как его подозревают в том, что он двойной агент. Тем временем Сарк и Ирина пытаются вернуть сердце Рамбальди, а Джек и Слоан заключают сделку.
Сидни наконец противостоит своей матери, которая раскрывает свои истинные мотивы. Слоан, со своей стороны, начинает претворять в жизнь свой новый грандиозный план, а Уилл изо всех сил пытается выяснить, кто стоит за его подставой.
