Для какого возраста: 13+
Сколько серий в 1 сезоне: 22 серии
Когда Сидни узнает секреты SD-6, «подразделения ЦРУ», она решает, что будет лучше, если она расскажет об этом мужчине, за которого скоро выйдет замуж, Дэнни, который из-за этого становится огромным. Тогда она решает, что ей нужно остановить СД-6, и поступает на службу в настоящее ЦРУ, как и ее отец. Она становится двойным агентом под присмотром своего куратора Вона. Теперь ее миссия — притвориться верной СД-6, но тайно передать информацию ЦРУ.
Когда Сидни возвращается в SD-6, ей вместе с коллегой Диксон поручают отправиться в Москву за некоторыми файлами. Но все идет не так, когда она понимает, что дала SD-6 доступ к ядерному оружию, и ей нужно отправиться в Каир, чтобы исправить это. Тем временем Уилла начинает интересовать смерть Дэнни. Кроме того, Сидни узнает роль своего отца в смерти Дэнни.
Жизнь Сидни оказывается в опасности, когда она отправляется в Мадрид, чтобы найти набросок 500-летней давности, и сталкивается с враждебной Анной Эспоносой, К-Управлением. Тем временем Уилл все еще ищет причину смерти Дэнни и находит странную информацию.
Диксон и Сидни отправляются на миссию по обеспечению безопасности Объединенной торговой организации. Тем временем Уилл становится ближе к тайне смерти Дэнни. Кроме того, Фрэнси спорит с Чарли о его свидании с другой женщиной.
Статус секретного двойного агента Сидни оказывается под угрозой после того, как она переправляет инженера-биотехнолога в SD-6 из своей миссии в Берлине. Уилл встречает женщину, которая признается, что незадолго до его смерти у нее был роман с Дэнни. Вон сообщает Сидни, что ее отец может работать на третье секретное оперативное агентство.
Сидни работает под прикрытием как психически больной, чтобы встретиться с парнем, запрограммированным на убийцу. Тем временем Уилл узнает настоящую личность женщины, которая говорит, что у нее был роман с Дэнни, а Фрэнси узнает, что у Чарли не было романа. Кроме того, Сидни считает, что ее отец огромил ее мать 20 лет назад, а Маршалл находит жучок, заложенный ЦРУ в мэйнфрейме SD-6.
Сидни узнает о причастности Шепарда к ее прошлому. Тем временем Слоан противостоит Альянсу по поводу жучка ЦРУ, и они приходят к выводу, что SD-6 был сфабрикован. Кроме того, Уилл продолжает свое расследование в отношении женщины, у которой был роман с Дэнни, а Сидни узнает об истинной причастности ее отца к смерти ее матери.
Сидни должна пройти проверку на детекторе лжи от Слоан, которая ищет крота SD-6. Тем временем Сидни отправляется на поиски связи между 500-летним наброском Рамбальди и машиной, а Анна Эспиноса идет ей на хвост. Кроме того, Уилл все еще ищет тайну Кейт Джонс, так называемой любовницы Дэнни. А Сидни находит подарок на память, принадлежащий ее матери, который погружает ее в прошлое отца.
Жизнь и прикрытие Сидни как двойного агента подвергаются риску, когда Слоану говорят, что Сидни - крот SD-6. Тем временем на карту поставлена жизнь Диксона после того, как его застрелили во время миссии. Кроме того, расследование Уилла об Ате Джонсе раскрывает некоторые неожиданные вещи.
Джек должен спасти Сидни после того, как Слоан приказал подвергнуть ее пыткам и огромному количеству людей после того, как ее подозревают в кроте SD-6. Тем временем Сидни рассказывает Вону о своем недавнем пребывании в SD-6, но приходит в шок, когда получает ей рождественский подарок. Кроме того, когда Уилл слушает кассету, он слышит SD-6 и решает провести небольшое исследование, что является не самой лучшей идеей.
После того, как отец Сидни спас ей жизнь во время миссии в Гаване, она становится благодарной и гордой, но когда она узнает от Вона, что он был ответственен за смерть многих агентов ЦРУ, ее чувства становятся смешанными.
Когда бывший агент SD-6 Маккенас Коул берет на себя управление SD-6, Сидни и Джек должны работать вместе, чтобы спасти своих коллег и Слоан. Тем временем Уилл начинает опасаться своего решения изучить SD-6.
Вопреки желанию ЦРУ Вон отправляется в SD-6, чтобы помочь Сидни. В SD-6 Коул продолжает поиск устройства, которым владеет Слоан. Кроме того, Уилл продолжает расследование SD-6.
Сидни и Диксон отправляются в Лас-Вегас, чтобы получить информацию об агенте К-Директората, который связан с группой, которая атаковала и почти покончила с SD-6. Уилл углубляет свои исследования SD-6. Кроме того, Сидни узнает шокирующие новости о Чарли, женихе Фрэнси.
Сидни должна использовать свою дружбу с Эмили, чтобы получить доступ к рукописи Рембальди по просьбе Вона. Тем временем Уилла похищают, и ему приказывают прекратить расследование SD-6, иначе его семья и друзья заплатят цену.
DSR проверяет Сидни, чтобы найти ее связь с картиной 500-летней давности и пророчеством в манускрипте Рамбальди. Также Слоан узнает, что друг может работать на врага.
Приходит ФБР и расспрашивает Сидни о ее связи с 500-летним пророчеством Рамбальди. Вон и Джек должны спасти Сидни, прежде чем об этом узнает SD-6. Пока Сидни убегает, она понимает, как ее мать инсценировала ее смерть 20 лет назад.
Во время миссии по поиску Хасинова она сталкивается с бывшим возлюбленным Ноем Хиксом. Тем временем Джек должен навестить доктора Барнетта после того, как узнает, что Ирина, возможно, не умерла, а Уилл и Фрэнси подозревают Сидни после того, как находят корешок от билета на самолет. Кроме того, Сидни говорит Слоан, что она хотела бы найти свою мать.
Сидни и Ной продолжают с того места, на котором остановились 5 лет назад, но вскоре Сидни начинает подозревать Ноя в лояльности. Убийца «Сноман», посланный K-Directorite, отправляется обнять Хасинова. Кроме того, Сидни сводит Джека с ума, когда она продолжает собирать информацию о своей матери, а Уилл и Фрэнси противостоят Сидни по поводу ее таинственных действий.
Сидни и Вона отправляют на встречу с мистером Сарком, чтобы поймать Хасинова, но вскоре прикрытие Сидни оказывается под угрозой, когда для прекращения торговли отправляется представитель SD-6. Тем временем Уилл делает открытие, исследуя SD-6, и Слоан вынуждена принять трудное решение после того, как Эмили рассказывает Сидни о SD-6.
SD-6 приближается к поиску Хасинова, когда они захватывают его помощника, мистера Сарка. Тем временем жизнь Уилла оказывается в опасности, когда его отправляют на поиски человека, который рассказал ему о SD-6. Кроме того, Диксон с подозрением относится к действиям Сидни.
Вон и Сидни должны уничтожить артефакт Рамбальди, чтобы спасти Уилла. Также Джек заключает сделку с мистером Сарком, и Альянс решает судьбу Эмили Слоун. Кроме того, жизнь Вона оказывается в опасности, когда он оказывается заперт с разрушенным артефактом Рамбальди, а Сидни сталкивается лицом к лицу с Хасинау и с кем-то, кого она меньше всего ожидает.
