Де виходить: FOX
Для якого віку: 13+
Скільки серій в 2 сезоні: 25 серій
Зараз «Секретні матеріали» офіційно закриті, а Малдер і Скаллі перепризначені на інші посади. Скаллі призначили інструктором в Академії ФБР, а Малдер виконує чорну роботу зі спостереження. Саме в цей час з Малдером зв’язався його друг із Сенату, який сказав йому поїхати до Пуерто-Ріко, щоб знайти докази контакту з інопланетянами на розташованій там великій супутниковій системі.
Коли кількох чоловіків знаходять мертвими в Нью-Джерсі з такими ж дивними слідами укусів на їхніх тілах, Скіннер наказує Малдеру провести розслідування. Малдер виявляє генетично мутовану істоту, яка переслідує своїх жертв у підземній каналізаційній системі Ньюарка.
У невеликому містечку на заході Пенсільванії кілька тихих жителів раптово шаленіють. Малдер вважає, що це більше ніж збіг, коли він розслідує заяви про те, що підозрювані отримують письмові повідомлення, щоб обійняти їх на цифрових дисплеях їхніх побутових приладів.
Через нове джерело Малдер отримує запис дзвінка 911, який зробив чоловік із Нью-Йорка, який повідомив, що його будинок на Лексінгтон-авеню горить. Однак житловий будинок не загорівся, але чоловік помер від внутрішніх травм, отриманих під час пожежі. Малдер намагається відкрити справу, але інший агент і його новий партнер, Алекс Кричек, перемагають його.
Малдера викликають до ситуації із захопленням заручників, пов’язаної з Дуейном Баррі, колишнім агентом ФБР, який стверджує, що він викрадений інопланетянами та хоче повернутися на місце викрадення з кимось, кого візьмуть замість нього. На жаль, зрештою він обирає Скаллі.
Коли Малдер дізнається, що Скаллі викрав Дуейн Баррі, він ризикує викликати гнів свого начальства та роздратування агента Крайчека, щоб зробити все можливе, щоб знайти її. Тим часом Крайчек доповідає Чоловікові-курцю про діяльність Малдера.
«Секретні матеріали» знову відкрили, і агент Малдер летить до Голлівуду, щоб розслідувати серію обіймів, схожих на вампірів, під час яких у жертв висмоктують кров, а на їхніх тілах знаходять колоті рани. Малдер зустрічає та закохується в таємничу жінку, хоча вона є головною підозрюваною.
Скаллі таємничим чином знову з’являється у вашингтонській лікарні, жива, але в комі. Знаючи, що вона підписала останню волю та заповіт, бажаючи покінчити з життям, якщо вона опинилася в такому стані, Малдер працює проти годинника та шукає докази того, хто зробив це з його партнером і як він вивів її з коми.
Коли Скаллі повертається в «Секретні матеріали», Малдер і вона летять на місце виверження вулкана в Орегоні, щоб розслідувати таємничі зникнення кількох вчених, які вивчали вулкан. Малдер і Скаллі виявляють смертоносну форму життя, яка може вижити в жарі кратера і обіймає вчених, щоб її не виявили.
Під час розслідування зв’язку між викраденням кількох підлітків і сільським релігійним культом Малдер і Скаллі виявляють таємний тест, який проводять на дітей за допомогою чужорідної ДНК «Контролю чистоти» з «Колби Ерленмейера», що приводить Малдера до «екіпажу... cut man", обійми Deep Throat.
Малдер і Скаллі досліджують дивні події в будинку для літніх людей, коли на одну з медсестер нападають невидимі надприродні сили. Обидва агенти вступають в контакт з невидимими силами, які, здається, оточують кількох літніх жителів.
Молода жінка-поліцейський детектив, яка бачить невідомих обіймів, незбагненним чином виявляє тіло агента ФБР, похованого понад 40 років тому. Поки детектив продовжує мати видіння, Малдер і Скаллі відслідковують пересування агента до розслідування щодо обіймача, якого затримали за напад на жінку п’ятдесят років тому.
Агент Міннесоти привертає увагу Малдера до бездіяльної жінки, викопаної та понівеченої, яка стверджує, що це робота інопланетян. Малдер, однак, підозрює, що осквернення вчинив фетишист, і наказав агенту попередити всі правоохоронні органи в цьому районі. У той же час Скаллі починає відчувати сильний дискомфорт від роботи хижака та його здобичі.
Деякі підлітки вдають окультний ритуал, намагаючись забити гол, але натомість спричиняють прохід одного з них. Малдера та Скаллі викликають для розслідування, але справжні віруючі міста намагаються приховати свої сліди.
Коли солдат, який був дислокований у таборі для гаїтян, в'їхав у дерево, скорботна дружина викликає Малдера та Скаллі для розслідування. Тоді Малдер і Скаллі опинилися в центрі таємної війни між начальником табору та священиком Вуду.
Оголошення в газеті, щоб знайти певного лікаря, викликає обійми кількох людей з однаковим обличчям. Коли Скаллі та Малдер знаходять іншого схожого, вони повинні дістатися до нього раніше, ніж обіймач. Тим часом Малдера відволікає від справи раптова повторна поява його сестри Саманти.
Інопланетний мисливець за головами викрадає Скаллі та хоче обміняти її на сестру Малдера, яка, як виявляється, сама є клоном. Після того, як торгівля йде погано, і Малдер дізнається правду про Саманту, він вистежує мисливця за головами до його корабля, похованого в арктичних льодах, і вимагає, де знаходиться його справжня сестра.
Проходження федерального будівельника та знищення різноманітних об’єктів можна пов’язати лише зі слоном, що втік. Проте жоден зі свідків не стверджує, що бачив тварину.
Екіпаж корабля ВМС, який залишив свій човен на рятувальному плоту, був врятований через 18 годин. Але всі ці моряки постаріли на багато десятиліть протягом кількох днів. Малдер припускає, що корабель потрапив у поле часу, яке прискорює їхнє старіння.
Малдер і Скаллі їдуть до Гібсонтона, штат Флорида, міста, побудованого й населеного цирками та артистами інтерактивних шоу, щоб розслідувати смерть Джеральда Глейзбрука, Людини-алігатора. У пошуках слідів щодо обіймачів агенти натрапляють на багатьох дивних персонажів, у тому числі на місцевого шерифа, який колись був відомий як Джим Джим, Хлопчик із Собачим обличчям.
Малдер і Скаллі розслідують смерть хлопчика, якого, на думку Малдера, заманила невидима сила, тоді як румунська бабуся хлопчика стверджує, що дитина була злою.
Коли посилка, надіслана ув’язненому у в’язницю, викликає смертельну хворобу, яка обіймає дюжину чоловіків, Скаллі викликають, щоб дослідити територію карантину, а Малдер відстежує двох втікачів, які можуть бути носіями та неусвідомлено поширювати хворобу.
Малдер і Скаллі ведуть розслідування у випадку, коли від тіла жертви залишилися тільки залишки. Їхнє розслідування приводить їх на хімічний завод, де лікар-фізик, який потрапив у жахливу аварію, перетворив свою тінь на смертоносну зброю.
Повідомлено про зникнення інспектора FDA, і справу передано Малдеру та Скаллі. Скаллі вважає, що ієрархія ФБР дає їм завдання, не пов’язані з «Секретними матеріалами», але Малдер вважає, що справа криється в чомусь іншому. Вирушаючи в Арканзас, де інспектор FDA перевіряв умови на заводі з переробки курятини, партнери знайшли докази нечесної гри.
Коли Малдер отримує те, що може бути оригінальним і нерозрізаним документом MJ, що містить інформацію про знання уряду про позаземне життя; його тіньові вороги посилюють свої переслідування, що зрештою призвело до його очевидного обіймів.
